種別
急行

特急の設定のない三州本線の最速達種別です。全区間全列車無料で乗車できます。
三地域の都市間輸送に主眼を置いた種別です。特急の運転がないこともあり、停車駅が他線の急行に比べて少なくなっています。
六三川駅から岐阜沢方面に向かう電車と、三川鉄道に直通して三川、天大寺方面に向かう電車の両方の設定があります。
・運転区間
　小金山駅〜岐阜沢駅
　小金山駅〜六三川駅〜天大寺駅（三川鉄道経由）
　の２種類が運転されます。区間運転はありません。
・運転本数
　全時間帯毎時２本ずつ運転されます。毎時1本の特別快速を合わせて２０分間隔になるように、２０分間隔と４０分間隔を交互に繰り返し　ます。
　岐阜沢駅発着と天大寺駅発着が毎時１本ずつ１時間間隔で運転されます。

特別快速

急行の補完的な役割を持ちます。急行と同じく三地域の相互の都市間輸送に主眼が置かれた種別です。六三川駅から三川鉄道に直通する電車はありません。
急行との違いは鰐島温泉駅と南海門倉駅に停車することです。鰐島温泉駅は温泉を利用する観光客の利用が多く、南海門倉駅では、南海門倉駅始発の岐阜沢方面の普通電車への接続を行います。
・運転区間
　全列車が小金山駅〜岐阜沢駅を通して運転されます。区間運転はありません。
・運転本数
　全時間帯毎時１本ずつ１時間間隔で運転されます。毎時２本の急行とあわせて２０分間隔になります。

快速

※色の薄いところは各駅に停まる区間です。各駅に停まる区間は主要駅のみ表示しています。
この路線の中距離輸送を担う種別です。しかし、路線長が短く急行や特別快速と停車駅の差が少ないため、実質的には急行や特別快速の補完のような役割となっています。
急行と同じく、六三川駅から岐阜沢方面に向かう電車と、三川鉄道に直通して三川、天大寺方面に向かう電車の両方の設定があります。
岐阜沢方面の電車は、六三川駅から南（岐阜沢方面）は各駅にとまります。この区間を各駅に止まる電車は全て快速となります。
・運転区間
　基本的に
　小金山駅〜岐阜沢駅
　小金山駅〜六三川駅〜天大寺駅（三川鉄道経由）
　の２種類が運転されます。このほかに早朝や深夜に小金山駅〜鰐島温泉駅で区間運転が行われます。
・運転本数
　日中は毎時３本ずつ２０分間隔で運転されます。六間駅〜長原駅は同じく毎時３本の準急と交互に１０分間隔になるように運転されます　。
　岐阜沢駅発着が毎時１本で１時間間隔で運転されます。天大寺駅発着が毎時２本で２０分間隔と４０分間隔を繰り返します。。
　朝夕は毎時６本ずつ１０分間隔で運転されます。六間駅〜長原駅は同じく毎時６本の準急と交互に５分間隔になるように運転されます。
　岐阜沢駅発着が毎時３本で２０分間隔で運転されます。天大寺駅発着は毎時３本で、２０分間隔で運転されます。
　時間帯を問わず、殆どの岐阜沢発着の快速は六三川駅にて六三川急行と三川鉄道を直通する天大寺発着の快速に接続します。
　（たとえば、小金山駅発岐阜沢駅行きの快速は六三川駅で池田駅（六三川急行）発天大寺駅行き（三川鉄道）の快速に接続します）

準急
※色の薄いところは各駅に停まる区間です。各駅に停まる区間は主要駅のみ表示しています。
※白鳥二は白鳥ニュータウン駅の略です。
路線北部の地域間速達輸送を担う種別です。北野地方や下州本線方面と三川地方を結ぶ役割とともに、長原市南部の古河ニュータウンや高台ヶ町ニュータウンと小金山方面を結ぶ役割も持ちます。
全列車が六間駅から六間線を経由して下州本線と直通します。また、ほぼ全列車が六三川駅から三川鉄道に直通します。六三川駅から三州本線の岐阜沢方面に向かう電車の設定はありません。
・運転区間
　基本的に
　下山口駅（下州本線）〜六間駅〜六三川駅〜三川駅（三川鉄道）
　湖西駅（下州本線）〜六間駅〜六三川駅〜三川駅（三川鉄道）
　湖西駅（下州本線）〜六間駅〜六三川駅〜天大寺駅（三川鉄道）
　の３パターンが運転されます。
　このほかに早朝や深夜などの一部時間帯に長原駅発着、六三川駅発着、川津駅（下州本線）発着などの設定があります。
・運転本数
　日中は毎時３本ずつ２０分間隔で運転されます。六間駅〜長原駅は同じく毎時３本の快速と交互に１０分間隔になるように運転されます　。上記の３パターンが毎時１本ずつ１時間間隔で運転されます。
　朝夕は毎時６本ずつ１０分間隔で運転されます。六間駅〜長原駅は同じく毎時６本の快速と交互に５分間隔になるように運転されます　　。上記の３パターンが毎時２本ずつ３０分間隔で運転されます。

各駅停車
六間駅〜六三川駅と南海門倉駅〜東岐阜沢駅の二つの区間で運転があります。
小金山駅〜六間駅、六三川駅〜南海門倉駅については快速が各駅に停まるため、また東岐阜沢駅〜岐阜沢駅は南海本線が並行しているため、各駅停車の運転はありません。
六間駅〜六三川駅

※主要駅のみ表示しています。
六間駅から連絡線を経由して北野鉄道池田坂本線に乗り入れる電車と、六間駅から六間線を経由して下州本線に乗り入れる電車に大きく分かれます。
・運転区間
　主に
　川津駅（下州本線）〜六間駅〜六三川駅
　湖西駅（下州本線）〜六間駅〜長原駅
　子川山駅（北野鉄道子川山線）〜六間駅〜高台ヶ町駅
　高河町駅（北野鉄道池田坂本線）〜六間駅〜長原駅
　の４パターンが運転されます。
・運転本数
　日中は下州本線直通が毎時２本の３０分間隔、北野鉄道直通が毎時４本（１０分間隔と２０分間隔を繰り返す）です。
　下州本線直通は上の２パターンがそれぞれ毎時１本ずつ１時間間隔で運転されます。
　北野鉄道直通は上の２パターンがそれぞれ毎時２本ずつ３０分間隔で運転されます。
　朝夕は下州本線直通が毎時４本の１５分間隔、北野鉄道直通が毎時８本（５分間隔と１０分間隔を繰り返す）です。
　下州本線直通は上の２パターンがそれぞれ毎時２本ずつ３０分間隔で運転されます。
　北野鉄道直通は上の２パターンがそれぞれ毎時４本ずつ１５分間隔で運転されます。

南海門倉駅〜東岐阜沢駅

※主要駅のみ表示しています。
全列車が東岐阜沢駅から岩浦線の東岐阜沢支線に直通し、さらに室生駅から岩浦線の本線に直通します。
・運転区間
　全列車が南海門倉駅〜坂浦駅です。区間運転はありません。
・運転本数
　全時間帯毎時３本の２０分間隔で運転されます。
　このうち毎時１本のみ南海門倉駅で特別快速に接続します。
　南海門倉駅〜東岐阜沢駅の区間は、朝夕の時間帯は毎時３本運転される快速と交互に１０分間隔での運転となります。

ダイヤ
・日中

・朝夕